海南医学院的前身是海南医学专科学校，由创办于１９４７年的私立海南大学医学院和创办于１９４８年的私立海强医事职业学校合并而成。１９９３年经教育部批准成立海南医学院，隶属海南省政府领导。１９９６年通过教育部本科教学评价。
海南医学院校本部原位于海南省海口市龙华路，２０００年迁至海口市城西新址。新址建设项目１９９２年被海南省人民政府列为项目投资重点（琼府函?１９９２?８１号），投资规模计１８个子项目，建筑面积１１１６６９平方米，总概算１３１９５．６２万元。学院现占地总面积３４．５万平方米，建筑总面积１４．５万平方米?其中教室建筑面积约７０００平方米、学生宿舍建筑面积２１０００多平方米，职工家庭人均住房建筑面积２２．５平方米?。校本部教职工４００多人，其中国家级专家１０人，省级专家９人，高级专业技术人员１０１人，中级专业技术人员１０４人。学院下设临床学院、基础部、社会科学部、成人教育部、预防医学系、护理学系、药学系、检验医学系、医学美容系、中医学系、口腔系以及图书馆、网络管理中心等教学管理、教学支持部门，另有中医临床学院等３个非直属领导的附属医院。学院主编出版《海南医学院学报》。建有计算机校园局域网。图书馆藏书１３万册及“中国药学文献光盘数据库”等一批电子文献资源和专题数据库。
学院目前现有各类本专科在校生４８００多人（含自学考试辅导班学生１３８０人，研究生课程进修班１３９人，校外合作办学点２５０人）。普通高等教育开办专业有临床医学、医学检验、预防医学、药学、护理学、中医学、口腔医学等７个本科专业及临床医学、医学检验、全科医学、药学、口腔医学、护理学、美容医学和中医学等８个专科专业。成人教育开办临床医学、医学检验、护理学等４个本科专业及临床医学、药学等７个专科专业。与山西医科大学、安徽医科大学合作招收医学、卫生管理两个专业研究生课程进修班。从２００２年起面向湖南、浙江、河南、湖北、山西、山东、四川、贵州、云南、江苏、广西、福建、河北、江西、陕西、海南等十六省招生。以多种模式扩展校外联合办学，与北大医学网络教育学院以及海南省卫校、省二卫校、琼海卫生职业中专学校、海口中医药学校、广东廉江卫生学校合作办学。２００２年计划招生２６２０人，其中校本部招生２２００人（普教本科５４０人，普教专科２９０人，成教、高职教１３７０人），校外联合办学点４２０人。远程教育计划招生８０人（北大医学网络教育学院计划）。
海南医学院附属医院（第一临床学院）始建于１９７５年，是一所集医疗、教学、科研、预防、保健、社区服务于一体的三级甲等医院、海南省首家爱婴医院、中国医学基金会国际医学中国互联网络海南惟一的指定远程会诊保健中心、卫生部国际紧急救援中心网络医院。医院拥有床位５１３张，职工８００人，其中高级职称专家１００多人。医院开展的人类体外受精与胚胎移植（俗称“试管婴儿”）等多项新技术、新项目达到了国内先进水平。医院既承担学校的临床教学任务，又是全省的医疗保健和医学研究中心之一。
海南医学院与国内２４所省（区、市）属医学院校组成协作组，进行了多方面卓有成效的合作。
“十五”期间学校发展定位是坚持教学、科研、医疗和产业四个轮子一起转，把学校建设成为学科齐全、师资雄厚、建筑新颖、环境优美、经济宽裕的医学院校，办学水平跻身于省属医学院校中等水平，在选办专业、办学环境、生命科学与药物的研究和开发以及全科医学教育等方面具有特色，服务于海南经济发展的需要和人民卫生事业的需要。建立１０个专业，各类在校生达８０００人（含函授及利用校内外办学条件与其他院校合作招收的各类学生２２００人左右），建立硕士点。建立省级重点学科３－４个，校级重点学科８个，争取现有课程全部达标，４０％的课程达优。临床学院由２所增加到４所；组建规范性的教学医院６－８所。到２００５年，医院病床数达９００张左右，年总收入达２亿元，力争４－５个科室达到省内领先水平，１０－１５个科室达到省内先进水平。加强教学实验室的规范化建设，新增教学科研仪器设备总值５０００万元。
海南医学院将按照“积极发展本科教育和研究生教育，发展全科医学教育，坚持普通教育与继续教育并重”的办学思路，努力提高办学质量和效益，为发展海南医疗卫生事业培养更多合格的人才。
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